研究人员工作组为出版物中的“科学易读”、可获取和可复制的生物成像数据提供清单
该小组的检查清单提供了一些非常具体的指导，其中一些涉及图像聚焦、裁剪和调整大小，以使数据在更清晰的上下文中表示。图片来源:?Helena Jambor和Christopher Schmied
科学家、研究人员和出版商现在可以访问全面的检查清单，为显微镜数据和图像分析的出版提供统一的指导方针。
来自光学显微镜仪器和图像质量评估和可重复性(QUAREP-LiMi)倡议的一个研究人员工作组开发了这些检查清单，以提高科学图像数据和出版物分析的清晰度、可解释性和可重复性。
该论文旨在标准化和加强显微镜数据共享的最佳实践，并看到这种方法在未来的生命科学家技术课程中得以延续，并被科学期刊在自己的出版指南中采用。
作为一项全球倡议的一部分，研究人员已经起草了在科学媒体上发表显微镜图像的指南。这些标准以核对表的形式总结，构成了确保生命科学和医学领域已发表的生物成像数据是可理解的以及相应研究是可重复的基础。这是释放他们全部研究潜力的唯一途径。
这些结果由来自全球超过48个研究所的54名研究人员取得，并发表在《自然方法》上，可能会影响显微镜图像的全球出版实践。这些研究人员组成了光学显微镜仪器和图像质量评估和可重复性全球倡议(QUAREP-LiMi)的一个工作组。
?Helena Jambor和Christopher Schmied
EMBL以其数据和显微镜服务而闻名全球，长期以来一直是开放获取的支持者，这些指南通过标准化生物成像数据的共享方式来帮助实现这一目标。
EMBL数据科学中心的团队负责人Christian Tischer代表EMBL，在制定该论文的核心清单方面发挥了不可或缺的作用。
“为了建立已发表的科学成果，重要的是数据和相应的分析在科学上是准确的，可重复的，可访问的，”蒂舍解释说。“对于基于显微镜的研究，这包括诸如出版物中图像数据的易读性，提供比例信息和负责任的对比度调整选择等问题，以及在公共档案中共享图像数据以及在云计算平台上访问分析管道。”
每年在生命科学和医学领域发表的科学论文超过100万篇。其中大约三分之一包括图像，如细胞或组织的显微镜数据。然而，大多数这些图像不能被目标受众完全理解，因为缺少关键信息，例如关于使用的尺度的信息。此外，许多人缺乏关于显微镜数据是如何准确产生的信息，这阻碍了其他研究人员复制可比的显微镜数据。
现在，作为全球QUAREP-LiMi倡议的一部分，该专家工作组制定了通信指南，特别是显微镜图像和图像分析数据。
“世界各地的科学家和领先的科学期刊都表示迫切需要制定显微镜图像的出版标准，”负责该指南的工作组的发起人、该科学论文的作者、德累斯顿国家肿瘤疾病中心(NCT/UCC)和德累斯顿大学医学院的科学家Helena Jambor说。“这些指导方针需要由研究人员起草，因为他们最清楚哪些质量标准对他们的工作特别重要。我们现在已经成功地达成了广泛的共识，包括来自许多世界领先的生命科学研究所的研究人员。”
该组织的检查清单提供了一些非常具体的指导，例如，确保选择了相关的图像部分，荧光显微镜图像中的颜色通道被命名，所选择的颜色可以被色盲的读者区分出来。
?Helena Jambor和Christopher Schmied
由于知道许多出版物也会展示图像分析的结果，该小组规定，作者必须准确描述数据是如何生成的，例如，使用了哪些软件解决方案和设置，并提供样本数据以检查结果。一般来说，应该在适当的数据库中向科学界提供图像，以便它们可以用于进一步的研究。
“这些指南针对的是所有从事光学显微镜研究的研究人员，从初学者到专家，”该研究论文的第一作者克里斯托弗·施米德(Christopher Schmied)说，他是米兰人类技术极点基金会(Human Technopole Foundation)和柏林莱布尼茨- forschungsinstitut fr Molekulare pharmacologie (FMP)的科学家。“它们使发表的图像和图像分析结果符合高质量标准，可重复，因此是可信的，并为进一步的研究项目提供了良好的基础。”
在检查清单中，标准分为三个级别，因此用户可以在良好的生物成像数据通信的最低、推荐和理想要求之间进行选择。Jambor说:“我们的目标是让这些标准被领先的科学期刊用作具有约束力的出版标准。”“出现这种情况的可能性很大。全球倡议的成员正在不断更新清单。我们还将开发沟通培训材料和显微镜图像教程。”
“我们的希望是，随着科学家和科学期刊的不断采用，我们建立了一种文化，在这种文化中，生命科学研究能够更容易地取得进展，并以清晰、一致的方式分享生物成像数据的透明度，”Tischer说。“对于像我这样也在培训生命科学家管理和分析生物成像数据的人来说，我们也可以在课程中进一步传播这些信息。”
QUAREP-LiMi计划于2020年4月启动，目前在全球拥有近550名成员，包括生物成像科学和图像分析专家、显微镜制造商和科学出版商。这些成员参与了15个专注于特定主题的工作组。负责起草显微镜图像出版指南的工作组是图像可视化和分析小组，由Jambor和Schmied领导，涉及来自各大洲的约100名专家。
根据Anna Kraft/NCT-UCC Dresden的新闻稿修改
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